Raffaele Farina è nato a Buonalbergo, in Provincia di Benevento, in Italia, il 24 settembre 1933. Sentita nascere in sé la vocazione, e attratto dalla figura di Don Bosco, è entrato nel noviziato salesiano di Portici, presso Napoli, il 15 agosto 1947 e ha emesso i voti perpetui il 25 settembre 1954, sempre a Napoli, ed è stato ordinato sacerdote a Torino il 1° luglio 1958.
Dopo aver ottenuto, sempre nel 1958, la licenzia in Teologia presso il Pontificio Ateneo Salesiano di Torino, nel 1961 ha ottenuto presso la Facoltà di Storia e Filosofia dell'università di Napoli l'abilitazione all'insegnamento di storia e filosofia nei licei e negli istituti magistrali. Così ha iniziato l’attività di docente di storia ecclesiastica e patrologia nello studentato teologico salesiano di Castellammare di Stabia nel 1962-1963, mentre al contempo proseguiva anche gli studi, conseguendo nel 1965 il Dottorato in Storia Ecclesiastica, presso la Pontificia Università Gregoriana, con una tesi su Eusebio di Cesarea, premiata con Medaglia d’Oro.
Nel 1965 ha iniziato il lavoro come docente di storia ecclesiastica antica e metodologia critica nella facoltà di teologia della Pontificia Università Salesiana a Roma. Ma ha continuato anche a studiare, e nel 1969 si è impegnato, grazie ad una borsa di studio, in una ricerca biennale su Origene: “La regalità di Cristo nel Commento a Matteo”, svolta presso l’Università di Bonn.
La sua competenza come studioso e la passione per l’insegnamento, tipicamente salesiana, lo hanno poi portato a prestare servizio per oltre un ventennio come Ordinario di Storia della Chiesa nella Facoltà di Teologia, dal 1976 al 1997 – anno in cui è stato proclamato docente emerito.
Decano della Facoltà di Teologia della Pontificia Università Salesiana (UPS) nel 1973-1975, non ha tralasciato nemmeno gli impegni più amministrativi e istituzionali, ricoprendo per ben 11 anni, in diversi periodi, il ruolo di Rettore Magnifico (dal 1977 al 1983 e nuovamente dal 1992 al 1997).
Tra le sue attività accademiche e pubblicistiche, vanno citate quella di membro del Pontificio Comitato di Scienze Storiche dal 1981 (segretario dal 1981 al 1989), membro della direzione scientifica della “Corona Patrum” della Società Editrice Internazionale di Torino dal 1979 al 1997, nonché quella di Direttore della rivista “Salesianum” negli anni dei suoi Rettorati all’UPS.
Nel suo lungo curriculum c’è anche il servizio negli uffici centrali della Congregazione Salesiana, dove è stato Direttore dell’Archivio Salesiano Centrale negli anni dal 1984 al 1990.
Nel 1986 è stato nominato Sottosegretario del Pontificio Consiglio della Cultura, carica che ha mantenuto fino al 1991. Dal 1992 al 2006 è stato Presidente della Commissione Editoriale della Libreria Editrice Vaticana e, dal 1992 al 1997, Presidente del comitato animatore dei Rettori dei Pontifici Atenei Romani. Nel medesimo periodo ha rivestito anche il ruolo di rappresentante della Santa Sede presso la C.R.E. - Associazione delle Università Europee.
In occasione della Festa di Maria Ausiliatrice del 24 maggio 1997 Papa Giovanni Paolo II lo ha nominato Prefetto della Biblioteca Apostolica Vaticana, un compito che ha assolto con la dedizione tipica dei salesiani verso il Papa, e che ha portato ai grandi restauri che hanno cambiato volto, funzioni e stile alla storica Biblioteca Apostolica e all’Archivio Segreto della Santa Sede.
Nel 2006, già con Benedetto XVI, è stato nominato vescovo titolare di Oderzo, e il 25 giugno dell’anno successivo è divenuto Archivista e Bibliotecario di Santa Romana Chiesa, venendo elevato al contempo alla dignità di arcivescovo ad personam, con un annuncio dato dallo stesso Pontefice durante una visita alla Biblioteca Apostolica Vaticana e all’Archivio Segreto Vaticano.
E lo stesso Benedetto XVI lo ha anche creato cardinale nel Concistoro del 24 novembre 2007.
Membro di alcune tra le più prestigiose e insigni accademie culturali di livello internazionale, onorato con diversi riconoscimenti culturali dai maggiori Paesi d’Europa, ha ricoperto anche un delicato servizio per Papa Francesco quando, divenuto già Archivista e Bibliotecario emerito di Santa Romana Chiesa, è stato nominato Presidente della Pontificia Commissione referente sull’Istituto per le Opere di Religione.