Raffaele Farina urodził się w Buonalbergo, w prowincji Benevento, we Włoszech, 24 września 1933 roku. Czując rodzące się w nim powołanie i pociągnięty osobą Księdza Bosko, 15 sierpnia 1947 r. wstąpił do nowicjatu salezjańskiego w Portici, niedaleko Neapolu, a 25 września 1954 r., ponownie w Neapolu, złożył śluby wieczyste, a 1 lipca 1958 r. przyjął święcenia kapłańskie w Turynie.
Po ukończeniu teologii w Papieskim Ateneum Salezjańskim w Turynie w 1958 r., w 1961 r. uzyskał kwalifikacje do nauczania historii i filozofii na Wydziale Historii i Filozofii Uniwersytetu w Neapolu w szkołach średnich i kolegiach nauczycielskich. W ten sposób w latach 1962-1963 rozpoczął nauczanie historii kościelnej i patrologii w salezjańskim studentacie teologicznym w Castellammare di Stabia, jednocześnie kontynuując studia, uzyskując w 1965 r. doktorat z historii kościelnej na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim, z rozprawą na temat Euzebiusza z Cezarei, która została nagrodzona Złotym Medalem.
W 1965 r. rozpoczął pracę jako wykładowca starożytnej historii kościelnej i metodologii krytycznej na Wydziale Teologicznym Papieskiego Uniwersytetu Salezjańskiego w Rzymie. Kontynuował jednak również studia, a w 1969 r. podjął, dzięki stypendium, dwuletni projekt badawczy na temat Orygenesa: “Królewskość Chrystusa w Komentarzu do Ewangelii Mateusza” na Uniwersytecie w Bonn.
Jego kompetencje jako naukowca i jego pasja do nauczania, typowo salezjańska, sprawiły, że przez ponad dwadzieścia lat wykładał historię Kościoła na Wydziale Teologicznym, od 1976 do 1997 roku, kiedy to stał się emerytowanym profesorem.
Dziekan Wydziału Teologicznego Papieskiego Uniwersytetu Salezjańskiego (UPS) w latach 1973-1975, nie zaniedbywał nawet żadnych administracyjnych i instytucjonalnych obowiązków, pełniąc funkcję rektora uczelni przez 11 lat w różnych okresach (od 1977 do 1983 i ponownie od 1992 do 1997).
Jego działalność naukowa i wydawnicza łączy się z członkostwem w Papieskim Komitecie Nauk Historycznych od 1981 r. (sekretarz w latach 1981-1989), członkostwem w kierownictwie naukowym “Corona Patrum” przy “Società Editrice Internazionale” w Turynie w latach 1979-1997 oraz redakcją czasopisma “Salesianum” w latach pełnienia funkcji rektora UPS.
W jego długi życiorys wpisuje się również praca w centralnych biurach Zgromadzenia Salezjańskiego; w latach 1984-1990 był dyrektorem Centralnego Archiwum Salezjańskiego.
W 1986 roku został mianowany podsekretarzem Papieskiej Rady Kultury, którą to funkcję pełnił do 1991 roku. W latach 1992-2006 był przewodniczącym Komisji Wydawniczej “Libreria Editrice Vaticana”, a w latach 1992-1997 przewodniczącym Komitetu Rektorów Papieskich Ateneów Rzymskich. W tym samym okresie pełnił również funkcję przedstawiciela Stolicy Apostolskiej w C.R.E. - Stowarzyszeniu Uniwersytetów Europejskich.
W uroczystość Maryi Wspomożycielki, 24 maja 1997 roku, papież Jan Paweł II mianował go prefektem Watykańskiej Biblioteki Apostolskiej; zadanie to wykonywał z oddaniem i posłuszeństwem typowym dla salezjanów, jaki ci żywią wobec papieża; pełniąc je, doprowadził do znaczących renowacji, które zmieniły oblicze i styl prowadzenia historycznej Biblioteki Apostolskiej i Tajnych Archiwów Stolicy Apostolskiej.
W 2006 r., za Benedykta XVI, został mianowany biskupem tytularnym Oderzo, a 25 czerwca następnego roku został archiwistą i bibliotekarzem Świętego Kościoła Rzymskiego, będąc jednocześnie wyniesiony do godności arcybiskupa ad personam, co ogłosił sam papież podczas wizyty w Watykańskiej Bibliotece Apostolskiej i Tajnym Archiwum Watykańskim.
Również sam Benedykt XVI mianował go kardynałem na konsystorzu 24 listopada 2007 roku.
Członek niektórych z najbardziej prestiżowych i zasłużonych Akademii Kulturalnych na poziomie międzynarodowym, uhonorowany licznymi nagrodami w dziedzinie kultury w najważniejszych krajach Europy, wyświadczył również delikatną przysługę papieżowi Franciszkowi, gdy po tym, jak został już emerytowanym archiwistą i bibliotekarzem Świętego Kościoła Rzymskiego, przyjął funkcję przewodniczącego grupy doradców, którzy nadzorują Instytut Dzieł Religijnych.
