Antonio María Javierre Ortás nació en Siétamo, en la comunidad española de Aragón, el 21 de febrero de 1921. Tras cursar sus estudios primarios y secundarios en Huesca, Zaragoza y Barcelona, ingresó en el noviciado salesiano de Gerona en 1939, e hizo su primera profesión en la Sociedad Salesiana de San Juan Bosco el 11 de septiembre de 1940. Asistió a cursos de filosofía en Gerona, Barcelona y Salamanca, de pedagogía en Gerona y Santander, y de teología en Salamanca, Roma y Lovaina. Emitió los votos perpetuos el 6 de enero de 1946 en Salamanca y fue ordenado sacerdote el 24 de abril de 1949 en la misma ciudad.
Le hubiera gustado, siguiendo el ejemplo de Don Bosco, vivir su vocación de salesiano en contacto directo con los jóvenes en tierras de misión, pero la Providencia le llamó a otras tareas. Así, fue apóstol en el ambiente universitario y en los círculos de la Curia romana. Sin embargo, nunca dejó pasar la oportunidad de desarrollar su intensa actividad espiritual en el ámbito esencialmente teológico, pero también en el más amplio de la cultura, especialmente dirigiendo grupos de profesores y religiosos y como capellán de estudiantes universitarios.
Tras doctorarse en Teología, fue profesor de Teología Fundamental en el Pontificio Ateneo Salesiano de Turín de 1951 a 1976.
Fue llamado como experto del episcopado español a los trabajos del Concilio Ecuménico Vaticano II. Consultor del Secretariado para la Unión de los Cristianos, durante tres años fue miembro de la comisión "Fe y Constitución" en el seno del Consejo Ecuménico de las Iglesias. Participó en diversas funciones en las tres conferencias mundiales del mismo Consejo, celebradas en Nueva Delhi, Upsala y Nairobi. Además, participó en varias conferencias sobre "Fe y Constitución" e "Iglesia y Sociedad" celebradas en Ginebra. Por último, intervino en las reuniones del Comité Central del Consejo Ecuménico de las Iglesias en París, Ginebra, Utrecht y Heraclión.
También ocupó el cargo de Decano de la Facultad de Teología del Ateneo Salesiano de 1959 a 1971 y el de Rector Magnífico de 1971 a 1974. Fue durante los años de su rectorado cuando el Pontificio Ateneo Salesiano (PAS) fue elevado al rango de Pontificia Universidad Salesiana (UPS), con sede en Roma.
Su actividad académica fue particularmente intensa en esos años: en particular, dedicó años enteros de estudio y enseñanza a la cátedra de teología dogmática y al seminario ecuménico. También fue invitado en numerosas ocasiones a diversas universidades de Roma y otras ciudades. Además, fue el creador, fundador y secretario general de los "Simposios" de Teología Fundamental de Lovaina y Gazzada.
El 20 de mayo de 1976 fue nombrado por el Papa Pablo VI Secretario de la Congregación para la Educación Católica y Arzobispo titular de Meta, siendo consagrado el 29 de junio siguiente -y teniendo entre sus co-consagrados al Arzobispo Rosalio José Castillo Lara, que también sería destinado a la púrpura unos años más tarde-.
Su salesianidad se manifestó también en la elección del escudo episcopal, una representación del Sueño de los Dos Pilares de Don Bosco. De hecho, el gran amor a María Auxiliadora y a Jesús en la Eucaristía siempre brilló en sus escritos y acciones ("Todo es atraído hacia este centro de gravedad", escribió en una de sus cartas al Papa Juan Pablo II).
Dentro de la Curia Romana, ofreció la aportación de sus conocimientos y experiencia a numerosos dicasterios. Desarrolló una intensa labor de divulgación teológica y de apostolado en el mundo de la cultura, especialmente a través de grupos de profesores y religiosos comprometidos en el campo de la educación y, como capellán, entre los estudiantes universitarios.
Fue creado cardenal por el Papa Juan Pablo II el 28 de junio de 1988, y en deferencia a su origen religioso se le asignó como iglesia titular en Roma la de Santa Maria Liberatrice en Monte Testaccio, confiada al cuidado pastoral de los Salesianos.
El 1° de julio de 1988 fue nombrado archivero del Archivo Secreto Vaticano y bibliotecario de la Biblioteca Apostólica Vaticana. Desempeñó estos cargos hasta el 24 de enero de 1992, cuando fue nombrado Prefecto de la Congregación para el Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos. Desempeñó este servicio hasta el 21 de junio de 1996, y luego lo dejó "de puntillas, para dedicarse al servicio que, por el contrario, nunca se debe abandonar: la oración", como dijo de él Benedicto XVI.
Enfermo y agotado por el tratamiento, falleció de un infarto en la madrugada del 1° de febrero de 2007, pocas horas después de celebrar una misa solemne en honor de San Juan Bautista.