D’en haut, les dômes de cette église ressemblent à des sommets de montagne. En Afrique, les gens sont profondément religieux et, dans la culture africaine, Dieu vit en divers endroits, généralement en haute montagne. Ce Sanctuaire est en effet construit dans le quartier « Upper Hill », une colline de la ville de Nairobi.
En entrant dans cette église, les fidèles sont donc invités à « gravir la montagne de Dieu ». Mais les dômes au sommet de l'église ressemblent aussi aux cabanes d'une maison, exprimant ainsi l'aspect communautaire des chrétiens vivant ensemble en tant que peuple de Dieu. De plus, le toit de ces dômes est vert, indiquant la vie et l'espérance. Les trois dômes plus petits symbolisent également les trois vertus théologales : la foi, l'espérance et la charité. La façade avant de l'église est constituée de trois grands murs cylindriques, qui ressemblent à la base des trois dômes, pour donner l'apparence de cabanes traditionnelles.
Séparant les dômes et les murs se trouve un auvent circulaire magnifiquement décoré, orné de symboles de maternité empruntés au peuple Maasai (une tribu du Kenya), notamment les pendentifs des colliers des femmes.
La porte du Sanctuaire est également d'une grande importance, un chef-d'œuvre de création visuelle, artistiquement unique. Il y a une myriade d'images féminines. La structure entière présente six images dominantes, qui semblent manquer d’apparence humaine et ressemblent davantage à des masques. Elles contiennent l'esprit des ancêtres chrétiens, l'Église triomphante qui, avec Marie, protège et prend soin de l'Église pèlerine. Elles soulignent également la notion de « mère ». Les figures africaines typiques sculptées en hauts et bas-reliefs et disposées en différentes tailles représentent précisément les différents rôles d'une mère. L'interpénétration des verres colorés sur la porte donne plus de vie et de lumière à l'œuvre en bois.
Une fois à l'intérieur du Sanctuaire, on peut voir de nombreuses croix étroitement disposées et sculptées dans le bois de la porte. En quittant le Sanctuaire, les croix sur la porte rappellent donc l'invitation à suivre le Christ, en portant nos croix quotidiennes. Elles ont aussi l'apparence d'une symétrie de croix et rappellent la fin à laquelle l'homme doit se préparer.
Dès l’entrée, on ne peut s’empêcher de remarquer la grande mosaïque qui constitue la toile de fond du Sanctuaire. Il s'agit d'une représentation du Rêve de Neuf Ans de Don Bosco, dont on célèbre cette année le bicentenaire.
L'autel de l'Église est construit sur trois tambours africains, qui symbolisent la présence de la Sainte Trinité sur l'autel lui-même.
Les fenêtres de cette église, en plus d’apporter plus de lumière dans le bâtiment, enseignent également quelque chose de théologique.
L'intérieur est orné des 14 stations traditionnelles du Chemin de Croix. Chaque station est représentée par une statue métallique tridimensionnelle fixée sur une structure en bois. Les 14 panneaux de bois présentent une variété de dessins, qui ont pour motif commun le cauri, qui, dans la société africaine traditionnelle, était utilisé comme monnaie. Dominant tous ces motifs se trouve une plus grande croix remplie de petits masques, reliés par de petites croix, pour former ce qui ressemble à un rosaire. Tout cela indique les saints qui ont participé à la Passion de Notre-Seigneur, à travers leur vie exemplaire, tout comme Marie.
Trois œuvres d'art ornent le Sanctuaire : le crucifix, la statue de Don Bosco avec Dominique Savio et les statues des stations du Chemin de Croix. Elles sont réalisées en métal, avec des plaques et des tiges de fer méticuleusement soudées pour former leurs formes respectives. La représentation stylisée de Jésus sur la croix fait ressortir toute l'agonie et la souffrance de Jésus.
De l'autre côté du Sanctuaire, se trouve la statue de Don Bosco avec Saint Dominique Savio. À l'occasion du Bicentenaire de la naissance de Don Bosco, entre 2009 et 2015, ont été créées trois répliques de la statue de Saint Jean Bosco gisant, qui contiennent quelques os de son bras droit. Ces trois œuvres ont été emmenées en pèlerinage dans le monde entier, dans plus d'une centaine de Pays, dont le Kenya, en 2011. L'une de ces statues a trouvé sa place dans le Sanctuaire de Marie Auxiliatrice.
Enfin, en passant par des escaliers ornés de peintures illustrant la vie de Saint Jean Bosco, on arrive à la chapelle de la crypte.
Cette église est un centre de pèlerinage non seulement au Kenya, mais dans toute l'Afrique orientale. Il ne s'agit pas seulement d'un édifice, mais d'une construction créée pour partager la foi dans la tradition catholique et pour l'approfondir à travers la catéchèse.
