Vistas de cima, as cúpulas da igreja parecem picos de montanhas. Na África, as pessoas são profundamente religiosas e, na cultura africana, Deus vive em vários lugares, geralmente nas altas montanhas. De fato, o Santuário foi construído no bairro Upper Hill, que fica em uma colina na cidade de Nairobi.
Ao entrar na igreja, os fiéis são, portanto, convidados a “subir ao monte de Deus”. Todavia, as cúpulas no topo da igreja também se assemelham às cabanas de uma casa, expressando, assim, o aspecto comunitário dos cristãos que vivem juntos como povo de Deus. Além disso, o telhado das cúpulas é verde, indicando vida e esperança. As três cúpulas menores também simbolizam as três virtudes teologais da fé, esperança e caridade. A fachada frontal da igreja é constituída por três grandes paredes cilíndricas, que lembram a base das três cúpulas, para dar o aspecto de cabanas tradicionais.
Um dossel circular separa as cúpulas e as paredes. Ele é lindamente decorado, adornado com símbolos da maternidade emprestados do povo Maasai (tribo do Quênia), especialmente dos pingentes dos colares femininos.
Também de grande importância é a porta do santuário, uma obra-prima de criação visual artisticamente única. Ela traz uma infinidade de imagens femininas. A estrutura inteira conta com seis imagens dominantes, que parecem desprovidas de aparência humana e mais parecidas com máscaras. Elas englobam o espírito dos ancestrais cristãos, a igreja triunfante que, junto com Maria, protege e cuida da igreja peregrina e também enfatizam o conceito de "mãe". As típicas figuras africanas esculpidas em alto e baixo relevo e dispostas em vários tamanhos representam as diferentes funções de uma mãe. A presença de vidros coloridos na porta dá mais vida e luz ao trabalho em madeira.
Ao entrar no Santuário, é possível ver várias cruzes firmemente dispostas e esculpidas na madeira da porta. Ao sair do santuário, portanto, as cruzes na porta lembram o convite para seguir Cristo, carregando nossas cruzes diárias. Elas também têm a aparência de uma simetria de cruzes e nos lembram do fim para o qual o homem deve se preparar.
Um grande mosaico forma o pano de fundo do Santuário. É uma representação do Sonho dos Nove Anos de Dom Bosco, cujo bicentenário se celebra este ano.
O altar da Igreja é construído sobre três tambores africanos, que simbolizam a presença da Santíssima Trindade no próprio altar.
As janelas desta igreja, além de trazerem mais luz para o prédio, também ensinam algo teológico.
O interior é adornado com as tradicionais 14 Estações da Via Sacra. Cada estação é representada por uma estátua tridimensional, de metal, fixada em uma estrutura de madeira. Os 14 painéis de madeira apresentam desenhos variados, que têm como motivo comum as conchas de cowrie que, na sociedade tradicional africana, eram usadas como dinheiro. Dominando todos esses desenhos está uma cruz maior preenchida com pequenas máscaras, conectadas por pequenas cruzes, para formar o que parece ser um rosário. Tudo isto indica os santos que participaram na Paixão de Nosso Senhor, através das suas vidas exemplares, tal como Maria.
Três obras de arte adornam o Santuário: o crucifixo, a estátua de Dom Bosco com Domingos Sávio e as estátuas das Estações da Cruz. Elas são feitas de metal, com folhas e hastes de ferro meticulosamente soldadas para formar suas respectivas formas. A representação estilizada de Jesus na cruz traz à tona toda Sua agonia e sofrimento.
Passando para o outro lado do Santuário, encontra-se a estátua de Dom Bosco com São Domingos Sávio. Por ocasião do bicentenário do nascimento de Dom Bosco, entre 2009 e 2015, foram criadas três réplicas da estátua de São João Bosco, que contêm alguns ossos do seu braço direito. As três obras foram levadas em peregrinação por todo o mundo, para mais de cem países, incluindo o Quênia, em 2011. Uma das estátuas ainda permanece no Santuário de Maria Auxiliadora.
Por fim, passando por escadas adornadas com pinturas que retratam a vida de São João Bosco, chega-se à capela da cripta.
A igreja é um centro de peregrinação não só no Quênia, mas em toda a África oriental. Não é apenas um edifício, mas uma construção criada para partilhar a fé na tradição católica e aprofundá-la através da catequese.
