Falleció el 14 de enero de 2010 en Corea del Sur, donde se encontraba por tratamientos. Compartió su amor con la gente de Tonj a través de sus competencias médicas, educativas y musicales. Cambió el rostro de Tonj con su optimismo y contagiosa alegría. Su herencia es recordada por todos.
El sábado pasado, 14 de enero de 2017, en Tonj fue conmemorada su figura con una entera jornada celebrativa, en la cual participaron jóvenes, madres de familia, la banda musical juvenil de la obra y mucho niños de la calle.
A las 13.00 horas, en el campus de la misión se reunieron los adolescentes y niños de la calle de Tonj, que pudieron divertirse con algunos juegos pensados para ellos y, una buena merienda, con un campeonato de fútbol. Estas actividades fueran muy bien acogidas entre los chicos de la calle, que generalmente sufren la falta de atención.
https://www.infoans.org/es/secciones/noticias/item/2482-sudan-del-sur-14-de-enero-un-dia-para-recordar-conmemoracion-de-p-john-lee-sdb#sigProIdca58eb261b
“Es posible motivar cambios positivos en ellos si se los acepta como son, con amor y respeto – expresaban los salesianos de la misión. – Quedamos impresionados por la experiencias que nos han contado. A veces nuestros juicios de condena en relación a ellos empeoran la situación. Padre Lee, que venía de una nación desarrollada, fue capaz de aceptarlos, así, como ellos son. Era capaz de adaptarse a cualquier situación. Agradecemos a Dios por su presencia breve y preciosa en nuestro país”.
La rica jornada de eventos fue concluida en la tarde avanzada con un momento de oración.