Zmarł 14 stycznia 2010 r. w Korei Południowej – gdzie powrócił na leczenie – okazując miłość i służąc mieszkańcom Tonj swoimi medycznymi umiejętnościami, a także jako wychowawca i muzyk. Zmienił oblicze Tonj swoim optymistycznym podejściem do życia i radością, która się udzielała innym, pozostając w pamięci wszystkich.
Ubiegłej soboty, 14 stycznia 2017, w Tonj poświęcono mu cały dzień, a w tym wspomnieniu uczestniczyli ludzie młodzi, matki rodzin, orkiestra młodzieżowa z miejscowej placówki i liczne dzieci ulicy.
Uroczystości rozpoczęły się procesją, która prowadziła od przychodni medycznej misji do głównego kościoła, gdzie miała miejsce celebracja eucharystyczna. Po Mszy św. orkiestra muzyczna, grając i przemierzając ulice Tonj, prowadziła procesję z obrazem ks. Lee.
O godz. 13.00 czasu lokalnego, na kampusie misji zgromadziły się dzieci ulicy z Tonj, które mogły wziąć udział w grach przygotowanych z myślą o nich, po czym miał miejsce podwieczorek i turniej piłki nożnej. To wszystko bardzo podobało się dzieciom ulicy, które przede wszystkim cierpią, bo nikt się nimi nie interesuje.
https://www.infoans.org/pl/dzialy/wiadomosci/item/2482-sudan-poludniowy-14-stycznia-dniem-do-zapamietania-wspomnienie-ks-johna-lee-salezjanina#sigProIdca58eb261b
“Można doprowadzić do pozytywnych zmian w nich, jeśli ich się przyjmie takimi, jakimi są, czyniąc to z miłością i szacunkiem” – mówią salezjanie z misji. “Byliśmy pod wielkim wrażeniem doświadczeń, o których opowiadali. Czasem nasze obwiniające sądy w odniesieniu do nich tylko pogarszają sytuację. Ks. Lee, który pochodził z rozwiniętego kraju, umiał je przyjąć takimi, jakimi były. Był w stanie dostosować się do każdej sytuacji. Dziękujemy Bogu za jego krótką, ale jakżę cenną obecność w naszym kraju”.
Ten dzień, bogaty w różne wydarzenia, zakończył się wieczorem momentem modlitwy.