Con el estallido de la segunda Intifada, la función de la Panadería pasó de ser un lugar de asistencia benéfica y adquirió una gran relevancia. Durante los 42 días del asedio de Belén en abril de 2002, la panadería Salesiana fue uno de los pocos centros que estaba en pleno funcionamiento y la única fuente de alimentación para muchas familias de la zona, que hacían llegar este alimento básico por las ventanas y por los techos, durante el toque de queda y sin salir de sus casas, con la ayuda de muchos amigos y benefactores de todo el mundo.
Desde entonces, los salesianos han seguido distribuyendo alrededor de 26.000 “pagnotes” (panes grandes) de forma gratuita, a casi 200 familias en dificultades, ya sea directamente o a través de la colaboración de otras instituciones religiosas. La panadería se ha ampliado varias veces para aumentar la producción y garantizar la calidad, para los clientes, los panaderos, que por otra parte se beneficiaban de diversos cursos de formación realizados por los panaderos de renombre internacional.
La panadería está mejorando y se han realizado algunas reestructuraciones, pero siempre hay obras de adaptación y remodelación a la espera de realizarse, para los cuales los fondos son insuficientes.
La panadería ha recibido apoyo de muchos benefactores en el pasado y en el presente, para que no se pierda el "pan de cada día" que se ofrece a tantas personas que necesitan de una ayuda.