Nacido el 9 de abril de 1965 en Granada, Colombia, el padre Jaramillo Duque realizó el noviciado salesiano en La Ceja, entre 1986 y 1987, y allí profesó los primeros votos el 24 de enero de 1987. Los votos perpetuos los emitió en Bogotá el 31 de enero de 1993 y recibió la ordenación sacerdotal el 21 de octubre de 1995, en su ciudad natal.
Ha servido como director en varias casas de la inspectoría: el Seminario Teológico de Bogotá (2005-07), la obra de Fusagasugá (2009-14), el instituto “León XIII”, también en Bogotá (2017-18) y también en Mosquera (2018-19). Desde el año 2019 ha vuelto a trabajar en el Seminario Teológico de Bogotá, primero como vicario, y luego como ecónomo, párroco y finalmente también como director.
A nivel inspectorial ha sido delegado para la Formación (2019-21) y nuevamente desde el pasado febrero; también ha trabajado como delegado para la Familia Salesiana (2021-22), como delegado específico para los Salesianos Cooperadores (2024-actualidad) y desde junio de 2023 es también vicario inspectorial.
El padre Rubén Darío Jaramillo Duque sucederá en el cargo al padre John Jairo Gómez Rúa, quien ha liderado la Inspectoría COB desde el 28 de julio de 2019.