Los biógrafos cuentan una divertida conversación que Don Bosco tuvo con la madre de Cagliero, Teresa, cuando le pidió permiso para llevárselo con él a Turín; "¿Quieres venderme a tu Giovannino?", le dijo bromeando y ella le contestó en su dialecto: "Los terneros se venden, los niños se regalan". "Mejor aún", replicó él, "prepárale algunas ropas y mañana me lo llevo".
En el Oratorio había mucha pobreza, pero también mucho amor: "Nuestros dormitorios, en la planta baja, eran estrechos y tenían adoquines por suelo. En la cocina había unos cuantos cuencos de hojalata con sus respectivas cucharas. Tenedores, cuchillos y servilletas los vimos muchos años después. El refectorio era un toldo. Don Bosco nos servía la comida, nos ayudaba a mantener ordenado el dormitorio, limpiaba y remendaba nuestra ropa, y hacía todos los servicios más humildes... Vivíamos juntos en todo. Más que en un internado, nos sentíamos en familia, bajo la dirección de un padre que nos amaba, y que sólo se preocupaba por nuestro bienestar espiritual y material".
Cuando Don Bosco decidió dar vida plena a una nueva Congregación, con matrícula regular y votos de pobreza, castidad y obediencia, el joven Juan Cagliero pronunció aquella famosa frase, que ha quedado en los anales, y que también tuvo fuerza de arrastre en otros de los jóvenes presentes: Fraile o no raile, yo me quedo con Don Bosco'.
Don Cagliero emite los votos trienales el 14 de mayo de 1862 y los perpetuos, ya sacerdote, el 15 de noviembre de 1865.
Era el ídolo de los jóvenes. Temperamento exuberante, todo impulsos, sentía y comunicaba a los demás la alegría de vivir con Don Bosco: trabajar, correr, entregarse. A menudo, los muchachos, después de las "buenas noches salesianas" de Don Bosco, se acercaban a Don Cagliero y le saludaban con espontáneo afecto.
Mientras tanto, Juan Cagliero perfeccionaba sus dotes musicales. Servicios religiosos, academias, bandas, hicieron de él un compositor precoz y brillante. Dos de sus óperas, Il figlio dell'esule y Lo Spazzacamino, fueron elogiadas por Giuseppe Verdi por su música bella y conmovedora. También llegaron a la Corte y fueron cantadas por la futura reina Margarita. La Misa de Réquiem a tres voces fue juzgada una "joya de fe y armonía". Su maestro Cerutti la hizo interpretar en la Casa Real en el funeral por Carlo Alberto.
También en esto fue volcánico: el 9 de junio de 1868, la misa de consagración de la iglesia de María Auxiliadora fue cantada por tres coros: un coro de niños a dos voces en la cornisa de la cúpula, dos coros de niños a tres voces bajo la cúpula y en el coro alto.
Después de su sacerdocio, trabajó como salesiano durante 13 años, convirtiéndose en un fenómeno de actividades y proyectos, y ejerciendo también como Director Espiritual de las Hijas de María Auxiliadora. También se dedicó con pasión a la actividad de componer música sacra, y escribió piezas ricas en vena melódica, que sobre todo en los primeros años (1860-70) fueron un componente importante del ambiente oratoriano.
En 1875 Don Bosco le confió la dirección del primer grupo de salesianos que partió en misión hacia la Patagonia argentina.
Una vez desembarcado en Buenos Aires comenzó el apostolado entre los emigrantes italianos, que eran numerosos en aquel período; abrió una parroquia en la zona más pobre de la ciudad, fundó también iglesias, institutos, obras salesianas; por todas partes difundió el ardor y la alegría salesiana.
Después de nueve años en Sudamérica, en 1884 Juan Cagliero fue consagrado obispo y Vicario Apostólico de la Patagonia, convirtiéndose así en el primer sacerdote salesiano en asumir el servicio del episcopado. Fue ordenado en Turín, en la iglesia de María Auxiliadora, y su madre Teresa tuvo la alegría de verlo con su insignia episcopal antes de morir a los 88 años. Aquel día Cagliero también guardó su mano con el anillo episcopal escondido entre los pliegues de su hábito hasta que llegó Don Bosco: el primer beso le correspondía por derecho.
En su tierra de misión, monseñor Cagliero comenzó la evangelización de los nativos de la Patagonia a lo grande, se vio obligado a ir a caballo, lanzó el lazo, escaló montañas, llegó a comunidades indígenas remotas... siempre en busca de almas.
Regresó precipitadamente a Turín en cuanto supo que Don Bosco se moría, y el 30 de enero de 1888 le dio su último beso mientras recitaba sus últimas oraciones. Regresó a la Patagonia inmediatamente después del funeral.
En 1915, el Papa Benedicto XV lo creó cardenal, a la edad de 77 años, reconociendo así el mérito de una vida dedicada al bien de los demás, especialmente en tierras de misión.
Regresó a Italia para pasar los últimos años de su vejez y murió en Roma el 28 de febrero de 1926, a la edad de 88 años. Su cuerpo, enterrado inicialmente en Roma, descansa desde 1964, a petición del episcopado argentino, en la catedral "Mater Misericordiae" de Viedma, su primera sede episcopal.
