En primer lugar, para estar cerca de su pueblo, San Francisco accedió a vivir en el castillo de Allinges, acompañado únicamente por su prima. Al elegir caminar hasta Thonon todos los días, conoció a las personas en su vida cotidiana: los trabajadores en sus tiendas, los agricultores en sus campos y los aldeanos en sus hogares. De esta forma, estableció con ellos una relación sencilla pero personal. Al hacerse amigo de ellos, su testimonio de vida se hizo aún más atractivo. Este apostolado de relación y amistad se convirtió en el fundamento de su obra misionera.
En segundo lugar, San Francisco vivió pobre, sin recursos y con poco apoyo humano. Aunque fue alojado en el castillo de Allinges como huésped del barón de Hermance, se negó a predicar el Evangelio protegido por las armas del ejército católico.
En tercer lugar, puso su esperanza sólo en Dios, su fuerza era la oración y la Misa diaria en la pequeña capilla del castillo antes de bajar a Thonon. Incluso si fue insultado y se burlaron de él, incluso si los protestantes lo evitaron o lo agredieron, los trató con gran respeto y profunda caridad.
En cuarto lugar, estaba convencido de la inclinación natural al amor de todo ser humano. Para él, el desafío misionero consistía en ayudar a cada persona a creer, con el don de la fe, en la existencia de un Dios de amor, encarnado en la humanidad en Jesús, crucificado por nuestro amor y resucitado para que pudiéramos entrar plenamente en la comunión de amor con Dios.
En quinto lugar, se preparó bien para predicar, cuidando tanto de su pequeño rebaño de fieles en el Chablais como delante a una gran multitud de fieles. Cuando la gente se negaba a escucharlo, Francisco escribía panfletos y los distribuía. Y como los protestantes, también usó las escrituras en su predicación y en las discusiones con algunos de ellos.
Finalmente, dado que en ese momento las academias eran el lugar predominante de los esfuerzos intelectuales de la población europea cada vez más culta, en 1606 San Francisco de Sales, junto con Antoine Favre, presidente del Senado de Saboya, fundó la Accademia Florimontana. El objetivo último de esta iniciativa era promover un “humanismo devoto” inculcando los valores del Evangelio en la literatura y la ciencia, creando así un vínculo entre fe y cultura y favoreciendo la integración entre fe y razón. Bajo esta luz, la "devoción" (santidad) era inculcada en todas las dimensiones de la vida cotidiana. La Academia Florimontana cesó sus actividades en 1610, cuando el Senado de Saboya fue trasladado a Chambéry. Sin embargo, entre sus miembros también se encontraban el poeta Honoré d'Urfé y los dos hijos de Favre, uno de los cuales, Claude Favre de Vaugelas, se convertiría más tarde en uno de los primeros académicos de la renombrada Academia Francesa de París.
