Don Baquero è nato a Manila, nelle Filippine, il 15 settembre 1970. Ha frequentato le scuole primarie e secondarie presso i Salesiani a Pampanga. Entrato nel 1989 nel Noviziato salesiano di Bacolod, ha emesso i voti perpetui il 24 marzo 1998 a Parañaque, ed è stato ordinato sacerdote l’8 dicembre 1999 presso il Santuario Nazionale di Maria Ausiliatrice, sempre a Parañaque.
Dopo l’ordinazione sacerdotale ha svolto la maggior parte del suo ministero in prima linea nella missione salesiana in Papua Nuova Guinea: a Lariau ed Araimiri, dal 2000 al 2008, poi nella capitale Port Moresby; dal 2014 al 2016 è stato Delegato ispettoriale per Papua Nuova Guinea e Isole Salomone e il 9 luglio 2016 è stato nominato primo Superiore della nuova Visitatoria “Beato Filippo Rinaldi” PGS.
Don Baquero succederà a mons. Patrick Taval MSC, scomparso nel 2013. La diocesi, rimasta per tre anni vacante, è stata eretta nel 1971, conta una popolazione di 128.300 persone – tra i quali 25.200 cattolici, il 20% – 10 parrocchie, 5 sacerdoti diocesani, 7 sacerdoti religiosi e 14 religiose.
Attualmente nel territorio della Visitatoria PGS altre due diocesi sono affidate ai Salesiani: l’arcidiocesi di Rabaul, a mons. Francesco Panfilo; e la diocesi di Gizo, a mons. Luciano Capelli.