Ks. Baquero urodził się w Manili, na Filipinach, w dniu 15 września 1970 r. Uczęszczał do salezjańskiej szkoły podstawowej i średniej w Pampanga. Do nowicjatu salezjańskiego wstąpił w 1989 r., śluby wieczyste złożył 24 marca 1998 r. w Parañaque, a święcenia kapłańskie przyjął 8 grudnia 1999 r. w Sanktuarium narodowym Maryi Wspomożycielki, także w Parañaque.
Po święceniach kapłańskich większą część swojej salezjańskiej pracy zrealizował w Papui-Nowej Gwinei: w Lariau i Araimiri w latach 2000-2008, a następnie w stolicy Port Moresby; od 2014 r. do 2016 r. był delegatem inspektorialnym dla Papui-Nowej Gwinei i Wysp Salomona, a 9 lipca 2016 roku został mianowany pierwszym przełożonym nowej wizytatorii pw. bł. Filipa Rinaldiego (PGS).
Ks. Baquero zastąpi bpa Patricka Tavala MSC, który zmarł w 2013 r. Ta diecezja, która nie była obsadzona przez trzy lata, została erygowana w 1971 r., liczy 128 300 osób, wśród których 25 200 to katolicy, co stanowi 20%, obejmując 10 parafii, 5 kapłanów diecezjalnych, 7 kapłanów zakonnych i 14 zakonnic.
Obecnie na terenie wizytatorii PGS inne dwie decezje zostały powierzone salezjanom: archidiecezja Rabaul - bp Francesco Panfilo i diecezja Gizo – bp Luciano Capelli.
