Nato a Molfetta (Bari, Italia), l’8 giugno 1938, Angelo Amato è il primo di quattro figli e ha frequentato le scuole elementari presso le suore alcantarine e le suore salesiane dei Sacri Cuori. Dopo le medie, è passato all'Istituto nautico di Bari, nella sezione dei capitani di lungo corso.
All'inizio del terzo anno di studi, nel 1953, abbandona una promettente carriera ed entra nell'Aspirantato salesiano di Torre Annunziata. Ha poi compiuto il noviziato a Portici Bellavista dal 1955 al 1956, anno in cui, il 16 agosto, ha emesso la prima professione religiosa. È passato poi allo studentato filosofico di San Gregorio di Catania, dove ha frequentato i tre anni di liceo classico, conseguendo la maturità nel luglio 1959. Poi, fino al 1962, ha studiato a Roma, presso l'allora Pontificio Ateneo Salesiano, ottenendo la licenza in Filosofia. Nel frattempo, giunto a termine il periodo di formazione all'interno della Congregazione Salesiana, ha emesso la Professione Perpetua il 28 giugno dello stesso anno. Ha quindi svolto due anni di tirocinio pratico al collegio salesiano di Cisternino, dove ha insegnato lettere nella scuola media. Dopo aver ottenuto la licenza in Teologia alla facoltà di Teologia dell'Università Salesiana, a Roma, è stato ordinato sacerdote il 22 dicembre 1967.
Iscrittosi alla Pontificia Università Gregoriana, nel 1974 ha conseguito il dottorato in Teologia ed è stato subito chiamato all'insegnamento della materia. Nel 1977 è stato inviato in Grecia dall'allora Segretariato per l'Unità dei Cristiani, trascorrendo quattro mesi nella residenza ateniese dei gesuiti per la preparazione linguistica in vista dell'iscrizione all'università. Superato l'esame di ammissione, è passato a Salonicco come borsista del patriarcato di Constantinopoli. La sua residenza è stata il Monì Vlatadon (Vlatadon Monastery), sede del convento dei monaci ortodossi e dell'Idrima ton Paterikon Meleton (Istituto di studi patristici), con una biblioteca specializzata in teologia ortodossa e una preziosa collezione di microfilm dei manoscritti del Monte Athos. Era allora direttore dell'Idrima il noto patrologo greco Konstantinos Christou, che è stato anche ministro della Pubblica Istruzione dello Stato greco.
Iscritto alla facoltà di teologia dell'Università di Salonicco, ha seguito le lezioni di storia dei dogmi di Jannis Kaloghirou e quelle di dogmatica sistematica di Jannis Romanidis. Nel contempo ha condotto una ricerca sul sacramento della penitenza nella teologia greco ortodossa dal XVI al XX secolo, il cui testo Christou ha voluto che fosse pubblicato nella collana «Análekta Vlatádon» (1982).
Tornato a Roma, ha insegnato Cristologia nella facoltà di Teologia della Pontificia Università Salesiana, della quale è stato decano dal 1981 al 1987 e dal 1994 al 1999. Negli anni 1997-2000 è stato anche Vice-rettore della medesima Università. Nel 1988 è stato inviato a Washington per studi sulla teologia delle religioni e per completare il manuale di cristologia. Intanto è divenuto consultore della Congregazione per la Dottrina della Fede, dei Pontifici Consigli per la promozione dell'Unità dei Cristiani e per il Dialogo Interreligioso, e consigliere della Pontificia Accademia Mariana Internazionale.
Nel 1999 è stato nominato prelato segretario della ristrutturata Pontificia Accademia di Teologia e direttore della neonata rivista teologica «Path». Dal 1996 al 2000 ha fatto parte della commissione teologico-storica del grande Giubileo dell'Anno 2000.
Nominato il 19 dicembre 2002 Segretario della Congregazione per la Dottrina della Fede ed eletto alla Sede titolare di Sila con il titolo personale di Arcivescovo, ha ricevuto la Consacrazione Episcopale il 6 gennaio 2003 da Giovanni Paolo II nella Basilica Vaticana.
Il 9 luglio 2008 Benedetto XVI lo ha chiamato a succedere al cardinale José Saraiva Martins come Prefetto della Congregazione delle Cause dei Santi.
Oltre ad articoli e saggi su riviste e dizionari teologici, ha pubblicato numerose opere, tra cui: Il Vangelo del Padre (1999), Gesù, il Signore. Saggio di cristologia, settima edizione (2008) Gesù, Identità del Cristianesimo (2008), Il Celibato di Gesù (2010), I Santi nella Chiesa (2010) e Catholicism and Secularism in Contemporary Europe, (2010).
Ha partecipato inoltre al conclave del marzo 2013 che ha eletto Papa Francesco.
Il 19 dicembre dello stesso anno, Papa Francesco lo ha confermato "donec aliter provideatur" nell'incarico di Prefetto della Congregazione delle Cause dei Santi. E' prefetto emerito della Congregazione per le Cause dei Santi dal 1º settembre 2018.
