Virgílio do Carmo da Silva est né le 27 novembre 1967 dans la ville de Venilale, dans la partie orientale de la colonie du Timor portugais, aujourd'hui République Démocratique du Timor Oriental.
Il a effectué ses études primaires et secondaires au « Colégio de Dom Bosco » de Fatumaca, où il a obtenu son diplôme, et sentant mûrir sa vocation au sacerdoce, il est entré peu après dans la Société Salésienne. Il a effectué son noviciat à Fatumaca, dans son Pays natal, et y a prononcé ses premiers vœux le 31 mai 1990 ; puis il a été envoyé à Manille, aux Philippines, pour étudier la philosophie et la théologie, jusqu'à sa profession perpétuelle, qui a eu lieu à Parañaque le 19 mars 1997.
À la fin de son parcours de formation, il a reçu l'ordination sacerdotale le 8 décembre 1998. Immédiatement après, lui a été confiée sa première mission de maître des novices au Timor Oriental, poste qu'il a occupé pendant cinq ans, jusqu'à ce qu'en 2004, il soit nommé Économe de la maison de formation et vicaire paroissial de sa Venilale natale.
En 2005, il s'est installé à Rome, en Italie, pour un séjour d'études de deux ans à l'Université Pontificale Salésienne, au terme duquel il a obtenu une licence en spiritualité. De retour dans son Pays natal, il est devenu Maître des Novices à partir de 2007 et Directeur de la Maison des Salésiens et de la « Don Bosco Technical High School » de Fatumaca à partir de 2009, occupant les deux fonctions jusqu'en 2014.
Pour les Salésiens du Timor Oriental, il a été Délégué de l'Association de Marie Auxiliatrice (ADMA), de 2007 à 2015, et pour la Formation (2013-16). En 2015, il a été nommé Supérieur de la Vice-province salésienne du Timor Oriental (TLS), occupant cette fonction jusqu'à sa promotion à l'épiscopat, le 30 janvier 2016, lorsque le Pape François l'a nommé quatrième Évêque de Dili.
Il a reçu sa consécration épiscopale le 19 mars suivant, dans la zone protégée de Tasitolu, par l'imposition des mains de Joseph Salvador Marino, archevêque titulaire de Natchitoches et nonce apostolique au Timor Oriental, et a pris possession du diocèse au cours d'une cérémonie ultérieure tenue dans la cathédrale de l'Immaculée Conception à Dili. Comme devise épiscopale, il a choisi Ad Deum Patrem Omnipotentem (À Dieu le Père Tout-Puissant).
Dans son ministère pastoral, il s'est engagé, entre autres, à encourager la relance du tourisme religieux, pour donner un nouvel élan à l'économie fragile du Pays.
Le 11 septembre 2019, le Pape François a érigé la province ecclésiastique du Timor Oriental, élevant le diocèse de Dili au rang de siège métropolitain ; en même temps, Mgr do Carmo da Silva est devenu son premier archevêque métropolitain.
Le 29 mai 2022, à l'issue du Regina Caeli, le Pape François a annoncé sa création comme cardinal, qui a ensuite eu lieu lors du consistoire du 27 août suivant.
Il est actuellement membre du Dicastère des Instituts de Vie Consacrée et des Sociétés de Vie Apostolique.
