Nascido em Mirandela, Bragança, Portugal, no dia 15 de abril de 1928, em 1958 ele foi enviado para Timor Leste, onde viveu até a morte e fundou, em 1963, a “Fatumaka Technical School of Agriculture” (Escola Técnica de Agricultura de Fatumaka) e apoiou o desenvolvimento de missões católicas em Baucau.
Em 1975, com a guerra civil, o governo português ordenou a evacuação imediata de todos os missionários católicos de Timor-Leste, mas o padre João de Deus decidiu permanecer no país, apesar dos riscos e perigos que corria. Naquele mesmo ano ele foi capturado pelos indonésios e libertado algumas semanas depois.
Após o desmantelamento das bases, em 1978, a Igreja Católica foi a única instituição que permaneceu com a população durante a ocupação indonésia. Com o intuito de apoiar a resistência, os missionários portugueses construíram orfanatos em Baguia, Laga e Quelicai, para acolher os órfãos de guerra. Mesmo quando Timor Leste declarou a independência, o padre João permaneceu lá, continuando a apoiar a população local.
Em 2012, ele recebeu a Medalha da Ordem "Martinho Lopes", uma ordem criada pelo Estado para reconhecer a contribuição da Igreja Católica na libertação nacional do Timor-Leste e agradecer por seu apoio e proximidade à população.
Francisco Guterres, Presidente da República Democrática de Timor-Leste, levou pessoalmente seu último adeus ao padre João de Deus, na Capela de Dom Bosco em Comoro.
Em nome de todo o Estado, o presidente expressou sua gratidão à contribuição do P. João para a independência nacional e assinou um decreto presidencial, publicado ontem, 24 de setembro, onde mais uma vez expressa seu agradecimento pelas ações do P. João de Deus durante anos mais difíceis para o país.
O Chefe de Estado timorense levou suas condolências à Família Salesiana por essa grande perda.
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