O termo derivaria do latim praesaepe, isto é, manjedoura. Outra hipótese deriva o termo de praesepire, isto é: recingir. [Uma terceira liga o termo ao latino ‘praesepium’ (de ‘prae’ (antes) e de saepes (sebe), significando literalmente "lugar guardado por uma sebe" e, em sentido lato, presépio, estala, estábulo...]
A tradição de montar o presépio teve origem no tempo de São Francisco de Assis, que em 1223 fez em Greccio a primeira representação da Natividade.
Visto que nessa época a representação de dramas sacros era vedada, São Francisco fez celebrar uma santa missa numa gruta, levando para lá uma ‘manjedoura’, com perto um burrinho e um boi.
Foi o primeiro presépio... vivo.
Já o primeiro presépio com estátuas remonta ao ano de 1283, por obra de Arnolfo di Cambio. A obra escultórica é constituída por quatro grupos de mármore representando a Virgem, o Menino, São José, os Rei Magos, mais o boi e o burrico.