Virgílio do Carmo da Silva è nato il 27 novembre 1967 nella città di Venilale, nella parte orientale della colonia del Timor portoghese, oggi Repubblica Democratica di Timor Est.
Ha ricevuto l’istruzione primaria e quella secondaria nel “Colégio de Dom Bosco” a Fatumaca, dove ha ottenuto il diploma, e sentendo maturare la vocazione al sacerdozio, poco dopo è entrato nella Società salesiana. Ha svolto il noviziato a Fatumaca, nel suo Paese natale, e lì ha emesso i primi voti il 31 maggio 1990; poi è stato inviato a Manila, nelle Filippine, per studiare filosofia e teologia, fino all’emissione della professione perpetua, avvenuta a Parañaque il 19 marzo 1997.
Al termine del percorso di formazione, ha ricevuto l’ordinazione sacerdotale l’8 dicembre 1998. Subito dopo, gli è stato affidato il primo incarico come Maestro dei Novizi in Timor Est, ruolo svolto per un quinquennio, finché nel 2004 è stato nominato Economo della casa di formazione e vicario parrocchiale nella nativa Venilale.
Nel 2005 si è trasferito a Roma, in Italia, per un soggiorno di studio di un biennio presso l’Università Pontificia Salesiana, al termine del quale ha conseguito la licenza in spiritualità. Tornato in patria, è divenuto Maestro dei Novizi dal 2007 e Direttore della Casa dei salesiani e della “Don Bosco Technical High School” a Fatumaca, dal 2009, ricoprendo entrambi gli uffici fino al 2014.
Per i salesiani di Timor Est è stato Delegato per l’Associazione di Maria Ausiliatrice (ADMA), dal 2007 al 2015, e la Formazione (2013-16). Nel 2015 è stato nominato Superiore della Visitatoria salesiana di Timor Est (TLS), svolgendo l’incarico fino alla promozione all’episcopato, avvenuta il 30 gennaio 2016, quando Papa Francesco lo ha nominato, quarto Vescovo di Dili.
Ha ricevuto la consacrazione episcopale il 19 marzo seguente, nell’area protetta di Tasitolu, per imposizione delle mani di Joseph Salvador Marino, arcivescovo titolare di Natchitoches e nunzio apostolico a Timor Est, e ha preso possesso della diocesi durante una cerimonia successiva svoltasi nella cattedrale dell’Immacolata Concezione a Dili. Come suo motto episcopale ha scelto Ad Deum Patrem Omnipotentem (A Dio Padre Onnipotente).
Nel suo ministero pastorale si è impegnato, tra l’altro a favorire il rilancio del turismo religioso, per dare alla fragile economia del Paese una nuova spinta.
L’11 settembre 2019 Papa Francesco ha eretto la provincia ecclesiastica di Timor Est, elevando la diocesi di Dili a sede metropolitana; contestualmente, pertanto, Mons. do Carmo da Silva ne è divenuto il primo arcivescovo metropolita.
Il 29 maggio 2022, al termine del Regina Coeli, papa Francesco ha annunciato la sua creazione a cardinale, avvenuta poi nel concistoro del 27 agosto seguente.
Attualmente è membro del Dicastero per gli Istituti di Vita Consacrata e le Società di Vita Apostolica.