El padre Baquero nació en Manila, Filipinas, 15 de septiembre de 1970. Asistió a la escuela primaria y secundaria con los Salesianos de Pampanga. Ingresó en 1989 en el noviciado salesiano Bacolod, hizo sus votos perpetuos 24 de marzo de 1998 en Parañaque, y fue ordenado sacerdote el 8 de diciembre de 1999 en el Santuario Nacional de María Auxiliadora, siempre en Parañaque.
Después de su ordenación, realizó la mayor parte de su ministerio en la misión salesiana en Papúa Nueva Guinea: en Araimiri y Lariau , desde 2000 a 2008, y luego en la capital, Port Moresby; 2014-2016 ha sido delegado provincial de Papúa Nueva Guinea y las Islas Salomón, y 9 de julio, el año 2016 fue nombrado el primer superior de la nueva Visitaduría PGS "Beato Felipe Rinaldi".
El p. Baquero sucederá a Mons. Patrick Taval MSC, que murió en 2013. La diócesis estuvo vacante durante tres años, ésta se constituyó en 1971, tiene una población de 128.300 personas - incluyendo 25.200 católicos, 20% - 10 parroquias, 5 sacerdotes diocesanos, 7 sacerdotes religiosos y 14 religiosos.
Actualmente en el territorio de la Visitaduría PGS abarca otras dos diócesis confiadas a los salesianos: la Archidiócesis de Rabaul, Mons. Francesco Panfilo; y la diócesis de Gizo, Mons. Luciano Capelli.
