Nascido em Molfetta (Bári, Itália), em 8 de junho de 1938, Angelo Amato foi o primeiro de quatro filhos. Frequentou a Escola primária das Irmãs Alcantarinas e as Irmãs Salesianas dos Sagrados Corações. Após o ensino médio, mudou-se para o Instituto Náutico de Bári, na seção de capitães.
No início do terceiro ano de estudos, em 1953 ingressou no Aspirantado salesiano de Torre Annunziata. Em seguida, fez o noviciado em Portici Bellavista, de 1955 a 1956, e, no dia 16 de agosto do mesmo ano, fez a primeira Profissão religiosa. Cursou o Estudantado filosófico de São Gregório, em Catânia, formando-se em julho de 1959. Feito o Tirocínio prático no colégio salesiano de Cisternino, fez a Profisão perpétua. Após se formar em Teologia pela Faculdade de Teologia da Universidade Salesiana, de Roma, foi ordenado sacerdote em 22 de dezembro de 1967.
Em 1974, obteve o doutorado em Teologia na Pontifícia Universidade Gregoriana e foi imediatamente chamado a ministrar a disciplina. Em 1977, foi enviado à Grécia pelo então Secretariado para a Unidade dos Cristãos, para passar quatro meses na residência ateniense dos Jesuítas para preparação linguística com vistas à matrícula na universidade. Foi bolsista do Patriarcado de Constantinopla em Tessalônica, morando em Monì Vlatadon (Mosteiro de Vlatadon), sede do convento de monges ortodoxos e do Idrima ton Paterikon Meleton (Instituto de Estudos Patrísticos), que tinha uma biblioteca especializada em teologia ortodoxa e uma preciosa coleção de microfilmes dos manuscritos do Monte Athos. Na época, era Diretor de Idrima o conhecido patrólogo grego Konstantinos Christou, também Ministro da Educação do Estado grego.
Matriculou-se na faculdade de teologia da Universidade de Salônica, estudou história dos dogmas de Jannis Kaloghirou e dogmática sistemática de Jannis Romanidis. Ao mesmo tempo, realizou pesquisas sobre o sacramento da penitência na teologia ortodoxa grega do século XVI ao século XX, cujo texto Christou quis publicar na série “Análekta Vlatádon” (1982).
Lecionou Cristologia na Faculdade de Teologia da Universidade Pontifícia Salesiana, de Roma, da qual foi Reitor de 1981 a 1987 e de 1994 a 1999. Nos anos 1997-2000 também foi Vice-Reitor da mesma Universidade. Em 1988, foi enviado a Washington para estudar teologia das religiões e completar o manual de Cristologia. Foi Consultor da Congregação para a Doutrina da Fé, dos Pontifícios Conselhos para a Promoção da Unidade dos Cristãos e do Diálogo Inter-religioso, e Conselheiro da Pontifícia Academia Mariana Internacional.
Em 1999, foi nomeado prelado secretário da reestruturada Pontifícia Academia de Teologia e diretor da recém-criada revista teológica Path. De 1996 a 2000, fez parte da comissão histórico-teológica do grande Jubileu do Ano 2000.
Nomeado Secretário da Congregação para a Doutrina da Fé em 19 de dezembro de 2002, e eleito Arcebispo na Sé Titular de Sila, recebeu a Consagração Episcopal em 6 de janeiro de 2003, do Papa João Paulo II, na Basílica Vaticana.
Em 9 de julho de 2008, Bento XVI o chamou para suceder ao Cardeal José Saraiva Martins como Prefeito da Congregação para as Causas dos Santos.
Além de artigos e ensaios em revistas e dicionários teológicos, publicou numerosas obras, entre elas: O Evangelho do Pai (1999), Jesus, o Senhor. Ensaio sobre cristologia, sétima edição (2008); Jesus, Identidade do Cristianismo (2008), O Celibato de Jesus (2010), Os Santos na Igreja (2010) e ‘Catholicism and Secularism in Contemporary Europe’ (2010).
Também participou do Conclave de março de 2013 que elegeu o Papa Francisco.
Em 19 de dezembro do mesmo ano, o Papa Francisco confirmou-o "donec aliter provideatur", no cargo de Prefeito da Congregação para as Causas dos Santos.
