Né à Molfetta (Bari, Italie) le 8 juin 1938, Angelo Amato est le premier d'une famille de quatre enfants et a fréquenté l'école primaire chez les sœurs alcantrines et les sœurs salésiennes des Sacrés Cœurs. Après le collège, il est entré à l'Institut Nautique de Bari, dans la section capitaines au long cours.
Au début de sa troisième année d'études, en 1953, il a abandonné une carrière prometteuse et est entre à l'aspirantat salésien de Torre Annunziata. Il a accompli ensuite son noviciat à Portici Bellavista de 1955 à 1956, année au cours de laquelle, le 16 août, il a émis sa première profession religieuse. Il est entré ensuite au studentat philosophique de Saint-Grégoire de Catane, où il a suivi trois années d'études secondaires classiques et a obtenu son diplôme d'études secondaires en juillet 1959. Puis, jusqu'en 1962, il a étudié à Rome, dans l'Athénée Pontifical de l’époque, obtenant une licence en Philosophie. Entre-temps, après avoir accompli son stage au sein de la Congrégation Salésienne, il a émis sa profession perpétuelle le 28 juin de la même année. Il a ensuite effectué deux années de stage pratique au collège salésien de Cisternino, où il a enseigné la littérature au collège. Après avoir obtenu une licence en Théologie à la Faculté de Théologie de l'Université Salésienne de Rome, il a été ordonné prêtre le 22 décembre 1967.
Inscrit à l'Université Pontificale Grégorienne, il a obtenu un doctorat en Théologie en 1974 et a été immédiatement appelé à enseigner cette matière. En 1977, il a été envoyé en Grèce par le Secrétariat pour l'Unité des Chrétiens de l'époque, où il a passé quatre mois dans la résidence athénienne des jésuites pour sa préparation linguistique en vue de son inscription à l'université. Après avoir réussi l'examen d'entrée, il s'est installé à Thessalonique en tant que boursier du Patriarcat de Constantinople. Sa résidence était le Monì Vlatadon (Monastère de Vlatadon), siège du couvent des moines orthodoxes et l'Idrima ton Paterikon Meleton (Institut d'études patristiques), avec une bibliothèque spécialisée en théologie orthodoxe et une précieuse collection de microfilms des manuscrits du Mont Athos. Le directeur d'Idrima à l'époque était le célèbre patrologue grec Konstantinos Christou, qui a été également ministre de l'Éducation nationale de l'État grec.
Inscrit à la faculté de théologie de l'Université de Thessalonique, il a suivi les cours d'histoire des dogmes de Jannis Kaloghirou et ceux de dogmatique systématique de Jannis Romanidis. Parallèlement, il a effectué une recherche sur le sacrement de la pénitence dans la théologie grecque orthodoxe du XVIe au XXe siècle, dont Christou a souhaité publier le texte dans la série « Análekta Vlatádon » (1982).
De retour à Rome, il a enseigné la Christologie à la faculté de Théologie de l'Université Pontificale Salésienne, dont il a été doyen de 1981 à 1987 et de 1994 à 1999. Dans les années 1997-2000, il a été également Vice-recteur de la même Université. En 1988, il a été envoyé à Washington pour étudier la théologie des religions et compléter le manuel de christologie. Entre-temps, il est devenu consultant de la Congrégation pour la Doctrine de la Foi, des Conseils Pontificaux pour la promotion de l'Unité des Chrétiens et pour le Dialogue Interreligieux, et conseiller de l'Académie Mariale Pontificale Internationale.
En 1999, il a été nommé prélat secrétaire de l'Académie Pontificale de Théologie restructurée et directeur de la revue théologique nouvellement créée « Path. » De 1996 à 2000, il a fait partie de la commission théologique et historique du grand Jubilé de l'An 2000.
Nommé le 19 décembre 2002 secrétaire de la Congrégation pour la Doctrine de la Foi et élu au Siège titulaire de Sila avec le titre personnel d'Archevêque, il a reçu la Consécration Épiscopale le 6 janvier 2003 des mains du Saint Jean-Paul II dans la Basilique Vaticane.
Le 9 juillet 2008, Benoît XVI l'a appelé à succéder au cardinal José Saraiva Martins comme Préfet de la Congrégation pour les Causes des Saints.
Outre des articles et des essais dans des revues et des dictionnaires théologiques, il a publié de nombreuses œuvres, parmi lesquelles : Il Vangelo del Padre (L'Évangile du Père - 1999), Gesù, il Signore. saggio di cristologia, settima edizione (Jésus, le Seigneur. essai sur la christologie, septième édition - 2008), Gesù, Identità del Cristianesimo (Jésus, identité du christianisme - 2008), Il Celibato di Gesù (Le célibat de Jésus - 2010), I Santi nella Chiesa (Les saints dans l'Église - 2010) e Catholicism and Secularism in Contemporary Europe (Catholicisme et laïcité dans l'Europe contemporaine - 2010).
Il a également participé au conclave de mars 2013 qui a élu le Pape François.
Le 19 décembre de la même année, le Pape François l’a confirmé « donec aliter provideatur » dans le rôle de Préfet de la Congrégation pour les Causes des Saints.
