A origem de uma vocação missionária
O P. João queria, ainda noviço, partir para as missões, mas seus repetidos pedidos não eram aceitos. Finalmente conheceu o P. Bernard Tohill, então Conselheiro Geral para as Missões Salesianas, que lhe permitiu passar o verão de 1978 na Guatemala. Ali trabalhou com os povos indígenas das montanhas e essa experiência fortaleceu nele a ideia de ser missionário.
Missão na Libéria e Guerra Civil
Mandado em seguida para a Libéria, o P. John serviu em Monróvia e Tappita. Pouco depois da sua chegada à Libéria, eclodiu uma guerra civil no país, na qual morrem centenas de pessoas. O P. John não hesitou em negociar com os rebeldes, especialmente para pedir a libertação dos prisioneiros. Chegou a arriscar a própria vida para salvar as daqueles que estavam em perigo. Depois da guerra civil, os salesianos tiveram de deixar Tappita (só regressaram no final dos anos 90). Posteriormente, tiveram de retirar-se mais uma vez. Mas a missão voltou a ser aberta em 2018.
Serviço na Serra Leoa
Em 1998, enquanto a guerra civil continuava na Libéria, o P. John foi transferido para a Serra Leoa. Passou um ano em Lungi, antes de se mudar para Freetown, onde iniciou um projeto de ajuda aos meninos de rua. Mas também na Serra Leoa houvera uma guerra civil e o P. John contribuiu para a reabilitação de soldados(as) mirins e de outras jovens vitimadas pela guerra. Ficou na Serra Leoa até 2008, quando foi transferido para a África do Sul. Nos anos passados na Serra Leoa, o P. John esteve sempre ao lado daqueles que haviam vivido os traumas da guerra. Daquela missão em Serra Leoa desenvolveu-se uma grande obra salesiana: "Don Bosco Fambul".