Štěpán Trochta nació en Francova Lhota, en Moravia oriental, el 26 de marzo de 1905, el mayor de los tres hijos de František y Anna Trochta, dos humildes campesinos de fe sencilla y directa. A los 8 años perdió a su padre y poco después sintió nacer en él la vocación al sacerdocio, hasta el punto de ingresar en el seminario menor de su diócesis. Sin embargo, su madre, que trabajaba sola para sacar adelante a sus hijos, enfermó de tuberculosis y, para cuidar de ella y de sus hermanos pequeños, Štěpán abandonó el seminario. En esa época leyó accidentalmente un artículo sobre la vida y obra de Don Bosco, lo encomendó todo a María Auxiliadora y, una vez recuperada su madre, optó por hacerse salesiano.
En otoño de 1923, con apenas 18 años, llegó a Turín en un aventurado viaje en solitario. Allí completó sus estudios filosóficos, a los que siguieron los teológicos en Roma y, en 1932, fue ordenado sacerdote. Inmediatamente regresó a su patria y se convirtió en uno de los fundadores de la obra salesiana allí: enseñó filosofía, pedagogía y religión en Frystak; fundó una obra social en la ciudad industrial de Ostrava; abrió una "casa de la juventud" en Praga. Además, se le asignó la atención espiritual de los scouts católicos.
Orador solicitado, experto en problemas juveniles y cuestiones sociales, se convirtió en una personalidad destacada de la vida católica de su país. Así, al estallar la Segunda Guerra Mundial, su nombre acabó en la lista de las cien personas más influyentes de Praga que debían ser eliminadas para evitar una posible oposición. Fue deportado al campo de concentración de Terezin, luego al de Dachau y finalmente al de Mauthausen. En los registros nazis se le marcó como "R U", que significa "regreso no deseado", y por ello se le asignó el trabajo más pesado con los grupos destinados a la eliminación. En Mauthausen, al verle exhausto, un nazi le disparó a quemarropa "para librarle de una larga agonía". Pero el P. Trochta no murió. Tras recobrar el sentido, cuando ya estaba en un vagón de cadáveres que se dirigía al crematorio, consiguió dejarse caer y fue salvado por un médico del campo.
Al final de la guerra, su patria estaba en ruinas y también fue invadida por el Ejército Rojo. El 29 de septiembre de 1947, Pío XII le nombró obispo de Litoměřice, la diócesis más devastada de Bohemia. El seminario estaba destruido, el 70% de las parroquias carecían de sacerdotes. El obispo Trochta se puso manos a la obra, al estilo del lema elegido en su consagración episcopal: Actio, Sacrificium, Caritas (Acción, Sacrificio, Amor).
Sin embargo, el régimen comunista de Checoslovaquia le impidió la actividad episcopal y durante tres años permaneció bajo arresto domiciliario en su sede, hasta que, en 1953, fue detenido acusado de espionaje y "actividad antiestatal" y condenado a 20 años de prisión.
En 1960 fue indultado, pero se vio obligado a buscar trabajo manual: trabajó como albañil y encargado del mantenimiento de ascensores e instalaciones sanitarias. Incluso en este estado, no olvidó su misión de obispo e hizo todo lo que pudo por sus sacerdotes y la diócesis.
El 2 de agosto de 1968, tras 18 años de ausencia, pudo asumir el gobierno de su diócesis y el 1 de septiembre de 1968 -en una Checoslovaquia que acababa de ver reprimida con sangre la Primavera de Praga- subió al púlpito de su catedral para pronunciar: "A muchos de vosotros -dijo- os veo por primera vez, aunque llevo 21 años siendo vuestro obispo. He pasado años terribles. He visto las profundidades de la maldad humana. Pero Jesucristo es nuestro Redentor, hoy y siempre".
En 1969, el Papa Pablo VI le nombró Cardenal, pero mantuvo su nombramiento "in pectore". Hasta el 5 de marzo de 1973 no pudo hacer pública su elevación a la púrpura, que finalmente recibió el arzobispo Trochta el 12 de abril siguiente. Vivió aún un año más como Cardenal; luego, agotado por las muchas cruces soportadas y ofrecidas con paciencia y amor, murió el 6 de abril de 1974.
