Domingos Garcia, Filipe Pedroso i João Alves z wioski Guaratingueta, trzej rybacy, łowili na rzece Paraiba. Zarzucali kilkakrotnie swoje sieci, ale na próżno. Tak więc przesunęli się dalej, o jakieś sześć kilometrów, w rejon zwany Porto Itaguaçu.
W pewnym momencie sieć João Alvesa stała się cięższa i wynurzyła się z niej mała gliniana figurka o rysach, które przypominały rysy Matki Bożej Niepokalanie Poczętej, chociaż była bez głowy. Rybak powtórnie zarzucił sieć i wyłowił również głowę tej figurki, która miała wysokość zaledwie trzydziestu centymetrów. Kiedy trzej rybacy ponownie zarzucili sieci, te napełniły się rybami.
Przez prawie piętnaście lat ta figurka Matki Bożej pozostawała w domu Felipe Pedroso, który w 1733 r. podarował ją synowi, który wybudował w Itaguaçu małą kaplicę. W 1745 r. zostało wybudowane kolejne zabudowanie, większe, jednak napływ wiernych zmuszał do budowania coraz większych kościołów.
Obecna Bazylika, którą w 1980 roku konsekrował Jan Paweł II, jest niewiele mniejsza od Bazyliki Watykańskiej i jest odwiedzana każdego roku przez około 7 milionów pielgrzymów. Również papież Benedykt XVI udał się do niej w pielgrzymce w maju 2007 roku, ofiarując Sanktuarium złotą różę. Zaś papież Franciszek był tutaj w 2013 roku i przy tej okazji powiedział: “Z jakże wielką radością przybywam do domu Matki każdego Brazylijczyka”.
A poza tym, Sanktuarium w mieście Aparecida, było w 2007 roku miejscem bardzo ważnego wydarzenia w życiu Kościoła Ameryki Łacińskiej: V Konferencji Ogólnej Episkopatu Ameryki Łacińskiej i Karaibów, kiedy to kard. Jorge Mario Bergoglio kierował redakcją końcowego dokumentu. Mówiąc o tym doświadczeniu, papież Franciszek przypomniał, że wtedy biskupi odczuli “zachętę, towarzyszenie i w pewnym sensie – inspirację ze strony tysięcy pielgrzymów, którzy tam przybywali każdego dnia, aby powierzyć swoje życie Matce Bożej”, stwierdzając: “ta Konferencja była wielkim wydarzeniem w życiu Kościoła”, ponieważ “Aparecida nie zakończyła się dokumentem, ale jest kontynuowana w tej właśnie misji”.