Le P. Baquero est né à Manille, Philippines, le 15 septembre 1970. Il a fréquenté les écoles primaires et secondaires chez les salésiens à Pampanga. Il entre au Noviciat salésien de Bacolod en 1989 et il émet ses vœux perpétuels le 24 mars 1998 à Parañaque. Il est ordonné prêtre le 8 décembre 1999 au Sanctuaire National de Marie Auxiliatrice, toujours à Parañaque.
Après l’ordination sacerdotale il a exercé la plus grande partie de son ministère en première ligne en Papouasie Nouvelle Guinée : à Lariau et Araimiri, de 2000 à 2008, puis dans la capital, Port Moresby ; de 2014 à 2016 il a été Délégué provincial pour la Papouasie Nouvelle Guinée et Iles Salomon et le 9 juillet 2016 il avait été nommé premier Supérieur de la nouvelle Vice province ‘Bienheureux Philippe Rinaldi’ (PGS).
Le P. Baquero succédera à Mgr Patrick Taval, MSC, disparu en 2013. Le diocèse, vacant pendant trois ans, a été érigé en 1971 ; il compte une population de 128.300 personnes – dont 25.200 catholiques (20%), 10 paroisses, 5 prêtres diocésains, 7 prêtres religieux et 14 religieuses.
Actuellement dans le territoire de la Vice province PGS, deux autres diocèses sont confiés aux Salésiens : l’archidiocèse de Rabaul, à Mgr Francesco Panfilo ; et le diocèse de Gizo, à Mgr Luciano Capelli.