Domingo García, Felipe Pedroso y João Alves del pueblo de Guaratinguetá, tres pescadores, fueron al río Paraiba. Tiraron sus redes varias veces, pero en vano. Luego se trasladaron otros seis kilómetros en una zona llamada Porto Itaguaçu.
La red de João Alves en algún momento se volvió más pesada y emergió una pequeña estatua de arcilla semejante a Nuestra Señora de la Concepción, aunque sin cabeza. Tiró de nuevo la red y esta vez recuperó la cabeza de apenas treinta centímetros de alto. Cuando los tres pescadores volvieron a echar sus redes, se llenaron de peces.
Durante unos quince años la estatua de Nuestra Señora permaneció en la casa de Felipe Pedroso, quien en 1733 se la dio a su hijo, quien construyó una capilla en Itaguaçu. En 1745 se construyó otro edificio, más grande, pero el flujo de fieles obligó a construir iglesias cada vez más grandes.
La actual basílica, consagrada en 1980 por Juan Pablo II, es un poco más pequeña que la basílica vaticana y es visitada anualmente por unos 7 millones de peregrinos. Incluso el Papa Benedicto XVI fue en una peregrinación en mayo de 2007; mientras que el Papa Francisco estuvo allí en 2013 y en esa ocasión dijo: "cuánto alegría me da venir a la casa de la madre de los brasileño".
En el Santuario de Aparecida, además, tuvo lugar en el 2007 una etapa fundamental en la vida reciente de la Iglesia latinoamericana: la V Conferencia General del Episcopado de América Latina y el Caribe, de la cual Jorge Mario Bergoglio fue coordinador de la redacción del documento final. Hablando de esa experiencia, el Papa Francisco recordó que en esa ocasión los prelados se sintieron "animados, acompañados y, en cierto sentido, inspirados por los miles de peregrinos que cada día confiaban sus vidas a Nuestra Señora", y decía: "Esta Conferencia fue un gran momento para la Iglesia porque el documento de Aparecida no termina en sí mismo, ya que la apertura final está en la misión".
