Štěpán Trochta urodził się 26 marca 1905 r. w miejscowości Francova Lhota we wschodnich Morawach, jako najstarsze z trojga dzieci Franciszka i Anny Trochtów, dwójki skromnych rolników o prostej i szczerej wierze. W wieku 8 lat stracił ojca i wkrótce potem poczuł w sobie powołanie do kapłaństwa, do tego stopnia, że wstąpił do niższego seminarium w swojej diecezji. Jednak jego matka, która sama pracowała na utrzymanie dzieci, zachorowała na gruźlicę i Štěpán opuścił seminarium, aby opiekować się nią i jej młodszym rodzeństwem. W tym czasie przypadkowo przeczytał artykuł o życiu i dziełach Księdza Bosko, zawierzył wszystko Maryi Wspomożycielce i, gdy jego matka wyzdrowiała, zdecydował się zostać salezjaninem.
Jesienią 1923 r., mając zaledwie 18 lat, udał się w pełną przygód samotną podróż do Turynu. Tam ukończył studia filozoficzne, a następnie teologiczne w Rzymie i w 1932 r. przyjął święcenia kapłańskie. Natychmiast powrócił do ojczyzny i stał się jednym z pionierów salezjańskiej pracy; nauczał filozofii, pedagogiki i religii we Frystaku; koordynował pracę społeczną w przemysłowym mieście Ostrawa; otworzył “dom młodzieżowy” w Pradze. Ponadto powierzono mu duchową opiekę nad katolickimi skautami.
Jako poszukiwany mówca, ekspert od problemów młodzieży i kwestii społecznych, stał się wybitną postacią w katolickim życiu swojego kraju. W momencie wybuchu II wojny światowej jego nazwisko znalazło się na liście 100 najbardziej wpływowych osób w Pradze, które miały zostać wyeliminowane, aby zapobiec ewentualnej opozycji. Został deportowany do obozu koncentracyjnego w Terezinie, następnie do Dachau, a na koniec do Mauthausen. W niemieckich rejestrach został oznaczony jako “R U” i jako taki został przydzielony do najcięższych prac, przeznaczonych dla tych, którzy mieli być zlikwidowani. W obowzie w Mauthausen, widząc go wyczerpanego, jeden z Niemców strzelił do niego z bliskiej odległości, “aby oszczędzić mu długą agonię”. Ks. Trochta jednak nie umarł. Po odzyskaniu przytomności, gdy znajdował się już na wagonie ze zwłokami zmierzającymi do krematorium, zdołał się wyślizgnąć i został uratowany przez obozowego lekarza.
Pod koniec wojny jego ojczyzna legła w gruzach i została zajęta przez Armię Czerwoną. 29 września 1947 r. Pius XII mianował go biskupem Litomierzyc, najbardziej zniszczonej diecezji w Czechach. Seminarium zostało zniszczone, 70 procent parafii pozostawało bez kapłanów. Biskup Trochta zabrał się do pracy, zgodnie z mottem, które wybrał podczas konsekracji biskupiej: Actio, Sacrificium, Caritas (Działanie, Ofiara, Miłość).
Jednak komunistyczny reżim w Czechosłowacji skutecznie uniemożliwił mu działalność biskupią i przez trzy lata był przetrzymywany w areszcie domowym. W 1953 r. został aresztowany pod zarzutem szpiegostwa i “działalności antypaństwowej” i skazany na 20 lat więzienia.
W 1960 r. został ułaskawiony, ale musiał podjąć pracę fizyczną: pracował jako murarz i konserwator wind i urządzeń sanitarnych. Nawet w tym stanie nie zapomniał o swojej misji biskupiej i robił wszystko, co mógł dla swoich kapłanów i diecezji.
2 sierpnia 1968 r., po 18 latach nieobecności, był w stanie przejąć rządy w swojej diecezji, a 1 września 1968 r. - w Czechosłowacji, która właśnie przeżywała Praską Wiosnę stłumioną krwią - wszedł na ambonę swojej katedry, aby przemówić do wiernych: “Wielu z was - powiedział - widzę po raz pierwszy, mimo że jestem waszym biskupem od 21 lat. Przeżyłem straszne lata. Doświadczyłem głębi ludzkiej niegodziwości. Ale Jezus Chrystus jest naszym Odkupicielem, dziś i zawsze”.
Papież Paweł VI mianował go kardynałem, ale zachował tę nominację “in pectore”. Dopiero 5 marca 1973 r. mógł to ujawnić. Ostatecznie purpurę kardynalską otrzymał 12 kwietnia następnego roku. Przeżył jeszcze jeden rok jako kardynał, a następnie, przytłoczony licznymi krzyżami, które znosił z cierpliwością i miłością, zmarł 6 kwietnia 1974 roku.