Ks. Marcelo Farfán urodził się 2 grudnia 1963 roku w Cuenca-Azuay, jako syn Miguela i Rebeki. Księdza Bosko poznał w salezjańskim oratorium Maryi Wspomożycielki w mieście Cuenca, gdzie uczęszczał do ówczesnej szkoły dla aspirantów. Potem, po ukończeniu szkoły średniej, w 1981 roku wstąpił do prenowicjatu.
Nowicjat odbył w mieście Cumbayá w 1982 r., pierwsze śluby złożył 31 stycznia 1983 r., a wieczyste 29 stycznia 1989 r. w Quito. Święcenia kapłańskie przyjął 27 czerwca 1992 r. w Cuenca.
Po święceniach został skierowany na placówkę misyjną w Zumbahua jako wikariusz domu, gdzie przebywał do 1996 r., kiedy to został wysłany do wspólnoty postnowicjackiej w Quito jako ekonom; był tam do 1998 r. W 1998 roku, po ukończeniu kursu formacyjnego w Rzymie, został mianowany dyrektorem postnowicjatu, którą to funkcję pełnił do 2003 roku. Od 1997 do 2008 roku, przez 11 kolejnych lat, był radcą inspektorialnym.
W latach 2003-2006 kontynuował posługę formatora w postnowicjacie, pełniąc także funkcję wicerektora Politechniki Salezjańskiej w Quito. W latach 2006-2008 ponownie pełnił funkcję dyrektora postnowicjatu.
W 2008 roku został wybrany na pierwszą kadencję jako przełożony inspektorii Ekwadoru na sześciolecie 2008-2014. Po zakończeniu tej posługi powrócił ponownie do postnowicjatu jako dyrektor, aż do 2016 r., kiedy to został powołany przez Przełożonego Generalnego do Dykasterii Duszpasterstwa Młodzieży Zgromadzenia jako koordynator generalny ds. Salezjańskich Instytucji Szkolnictwa Wyższego (IUS), którą to funkcję pełnił do 2021 r.
Zanim wrócił do swojej inspektorii Przełożony Generalny zlecił mu przeprowadzenie wizytacji nadzwyczajnej w inspektorii hiszpańskiej pw. Maryi Wspomożycielki (SMX), co uczynił w roku duszpasterskim 2021-2022. Po zakończeniu tej wizytacji wrócił do inspektorii i został mianowany dyrektorem międzynarodowego postnowicjatu w Quito. Jednak kilka miesięcy po objęciu tego urzędu Przełożony Generalny ponownie zaproponował mu urząd przełożonego inspektorii ekwadorskiej.
Oprócz studiów filozoficznych i teologicznych w czasie formacji ks. Farfán odbył również studia pedagogiczne, kończąc je tytułem magistra pedagogiki. Posiada także doktorat z teologii.
